O CSIC logra a secuenciación do virus SARS-Cov-2 en mostras de augas residuais de Baiona, Noia e Melide

No marco do proxecto DIMCoVAR, financiado con máis de 200.000 euros polo Fondo Supera COVID da CRUE-Santander, o Consello Superior de Investigacións Científicas (CSIC) logrou a secuenciación do virus SARS-CoV-2 en mostras de augas residuais.

“Desde que se detectou o material xenético do virus en mostras de feces de pacientes infectados, houbo un interese a nivel internacional pola monitoraxe do SARS-CoV-2 en augas residuais”, destacan os directores do grupo de Inmunoloxía e Xenómica.

Nun primeiro momento, o grupo de investigación tentou secuenciar as mostras de auga que deran resultados positivos mediante PCR cun elevado número de copias de xenes virais, pero, dado que o virus áchase moi fragmentado nas mostras de augas residuais, a secuenciación non resulta fácil.

Por iso, desde o mes de setembro, o grupo apostou pola aplicación de distintas metodoloxías para a secuenciación das mostras. Agora, aplicando técnicas de secuenciación masiva máis sensibles e que requiren pouca cantidade de material xenético, obtivo millóns de secuencias de SARS-CoV-2.

“Este logro é unha enorme satisfacción para o grupo, pois desde hai un ano estamos a traballar nesta liña. Primeiro, no marco dun convenio coa Xunta de Galicia e con financiamento do fondo Supera COVID. O conseguir detectar as mutacións que están a circular nunha localidade é moi valioso para identificar variantes. Hai que ter en conta que nas augas residuais concéntrase todo, incluso os virus de persoas asintomáticas que non acoden ao hospital. De aí a súa importancia”, destaca Antonio Figueras.

O equipo de traballo do CSIC, liderado por Antonio Figueras e Beatriz Novoa coa participación de Amaro Saco e Magalí Rey, logrou a secuenciación de mostras en tres localidades seleccionadas de entre as 15 obxecto de seguimento: Baiona, Noia e Melide.

“En Noia e Melide as mutacións detectadas son compatibles coa variante española e europea, mentres que en Baiona destacan as compatibles coa británica, surafricana e brasileira. Dado que a maioría destas mutacións áchanse no xene que dá lugar á proteína Spike, que interactúa cos receptores celulares, trátase de mutacións con implicacións funcionais no virus e interese clínico”, comenta Beatriz Novoa.

“Necesitamos secuenciar máis, pero xa nos sorprende a cantidade de mutacións que se atopan en localidades como Baiona, cunha prevalencia abafadora da variante británica, con mutacións únicas que a definen; así como de mutacións compartidas entre diversas variantes de preocupación entre as que se atopan a británica, surafricana, brasileira e outras”, Antonio Figueras.

O grupo de investigación tamén comparou estas secuencias con 500 xenomas de SARS- Cov-2 secuenciados en pacientes clínicos galegos. Isto derivou na detección de mutacións compartidas nas mostras de augas residuais e pacientes de COVID-19, así como outras que non se detectaron en persoas afectadas pola enfermidade desde o inicio da pandemia. Este traballo permitiría a detección de novas mutacións que puidesen ser “perigosas” dunha forma máis prematura.

“Todo iso reafirma a importancia da monitoraxe das augas residuais para o seguimento das novas mutacións do virus que poidan xurdir”, conclúen desde o CSIC.

O proxecto DIMCoVAR

Conta coa implicación, ademais do CSIC, da Universidade de Vigo (UVigo) e a empresa Geseco Augas e abarca a análise da presenza de material xenético de virus SARS-CoV-2 nas augas residuais de 15 estacións depuradoras de augas residuais (EDAR) de Galicia, así como nos puntos de vertedura da EDAR no medio mariño: Baiona, Nigrán, Gondomar, Cambados, Moraña, Porto de Son, Muros, Melide, Ares, Cedeira, Noia, Pobra do Caramiñal, Betanzos, Viveiro e Burela.

A participación do CSIC, a través do Instituto de Investigacións Mariñas e, concretamente, dos grupos de investigación “ Inmunoloxía e Xenómica” e “Enxeñería de Procesos” consiste fundamentalmente na detección do material xenético do virus por PCR e no desenvolvemento do modelo epidemiolóxico en base aos resultados das análises. A participación da UVigo correspóndese ao grupo de “BiotecnIA: Biotecnoloxía Industrial e Enxeñería Ambiental”.

A principios deste mes de abril, no marco deste proxecto, confirmouse que as análises durante este ano en 11 das 15 depuradoras de augas residuais obxecto de estudo eran representativos da evolución da pandemia en Galicia.